Zdravljenje histaminske intolerance zahteva strogo omejitev dovajanja histamina v telo. Osnovno načelo je izločitev živil z visoko vsebnostjo histamina. Vendar dieta zahteva tudi omejitev izdelkov, ki posredno vplivajo na višje ravni histamina.
Diete se je treba držati že po postavitvi diagnoze bolezni.
Neupravičene spremembe v prehrani so neprimerne.
Priporočljiva so sveža živila z minimalno vsebnostjo histamina.
Živil po pripravi ne smemo shranjevati ali segrevati.
Antihistaminiki se dajejo kot farmacevtski izdelki.
Pri farmakološkem zdravljenju je treba paziti, da pri dolgotrajnem zdravljenju druge bolezni ne jemljemo zdravil, ki blokirajo delovanje DAO. To so med drugim antidepresivi, nekateri analgetiki, antirevmatiki, antihipertenzivi, diuretiki ali mukolitiki.
Kratkotrajno farmakološko zdravljenje vključuje dajanje nadomestka encima DAO.