Zdravljenje cist na jajčnikih je odvisno od vrste ciste, njenega vzroka, velikosti in starosti ženske. Od odkrivanja ciste prek spremljanja do operacije.
Večina cist, ki se pojavijo pri ženskah v rodni dobi, so funkcionalne ciste. Naravno izzvenijo v 3 mesecih, čeprav lahko povzročijo zaplete.
Če cista ne poči ali povzroča krvavitev, je potrebno kirurško zdravljenje.
Zdravljenje je lahko sestavljeno iz dajanja zdravil, ki zmanjšajo cisto, nesteroidnih protivnetnih zdravil in zdravil proti bolečinam.
Kadar se ciste ponavljajo, se dajejo kontracepcijske tablete, ki preprečujejo ovulacijo in nastanek novih cist.
Ob sumu na raka se pogosto opravi laparoskopija za odstranitev cist.
Kirurška odstranitev vključuje odstranitev ciste skozi rez in odvzem vzorca za biopsijo, da se izključi rak.